First Report of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 (Alpha Variant) in Ecuador, January 2021.

On January 5 2021, Ecuadorian COVID-19 genomic surveillance program detected a suspicious case of the B.1.1.7 lineage (alpha variant) of SARS-CoV-2 in Los Rios province, later confirmed by genome sequencing. The patient travelled from the UK by the end of December 2020. By contact tracing, several new cases were detected confirming B.1.1.7 transmission and spreading in Ecuador.

Seroprevalence of arboviruses in Ecuador: Implications for improved surveillance. / Seroprevalencia de arbovirus en Ecuador: implicaciones para mejorar su vigilancia

INTRODUCTION: Arthropod-borne viruses (arboviruses) cause morbidity and mortality in humans and domestic animals worldwide. The percentage of population immunity or susceptibility to these viruses in Ecuador is unknown. OBJECTIVES: To investigate the proportion of Ecuadorian populations with IgG antibodies (Abs) (past exposure/immunity) and IgM Abs (current exposure) against flaviviruses and alphaviruses and to study the activity of these viruses in Ecuador. MATERIALS AND METHODS: During 2009-2011, we conducted a serosurvey for selected arboviruses in humans (n=1,842), equines (n=149), and sentinel hamsters (n=84) at two coastal locations and one in the Amazon basin (Eastern Ecuador) using enzyme-linked immunosorbent assay and hemagglutination inhibition test. RESULTS: From 20.63% to 63.61% of humans showed IgG-antibodies for the flaviviruses: Dengue virus (DENV), yellow fever virus (YFV) Saint Louis encephalitis virus, and West Nile virus (WNV); from 4.67% to 8.63% showed IgG-Abs for the alphaviruses: Venezuelan equine encephalitis virus, eastern equine encephalitis virus, and western equine encephalitis virus. IgM-Abs were found for DENV and WNV. Equines and hamsters showed antibodies to alphaviruses in all locations; two hamsters seroconverted to YFV in the Amazonia. CONCLUSIONS: The results show a YFV vaccination history and suggest the activity of arboviruses not included in the current surveillance scheme. Enhanced arbovirus and mosquito surveillance, as well as continued YFV vaccination and evaluation of its coverage/effectiveness, are recommended.

Introducción. Los virus transmitidos por artrópodos (arbovirus) causan morbilidad y mortalidad en humanos y animales domésticos mundialmente. Se desconoce el porcentaje de inmunidad o vulnerabilidad de la población ecuatoriana ante estos virus. Objetivos. Investigar la proporción de poblaciones ecuatorianas con anticuerpos IgG (exposición o inmunidad pasada) y anticuerpos IgM (exposición reciente) contra flavivirus y alfavirus, e investigar su actividad en Ecuador. Materiales y métodos. Entre 2009 y 2011, se llevó a cabo una encuesta serológica para arbovirus en humanos (n=1.842), equinos (n=149) y hámsters centinela (n=84) en dos localidades costeras y en una en la Amazonía, utilizando la prueba ELISA (Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay) y la prueba de inhibición de la hemaglutinación. Resultados. Entre el 20,63 y el 63,61 % de los humanos registraron IgG contra el virus del dengue (DENV), el de la fiebre amarilla (YFV), el de la encefalitis de San Luis y el del Nilo Occidental (WNV); entre 4,67 y 8,63 % tenían IgG para los virus de la encefalitis equina venezolana, de la encefalitis equina del este y de la encefalitis equina del oeste. Se encontró IgM para DENV y WNV. En los equinos y en los hámsters se encontraron anticuerpos contra alfavirus en todas las localidades muestreadas; dos hámsters mostraron seroconversión a YFV en la Amazonía. Conclusiones. Los resultados del estudio evidenciaron los antecedentes de vacunación contra el YFV y sugieren la actividad de arbovirus no incluidos en el esquema de vigilancia actual. Se recomienda ampliar la vigilancia de arbovirus y mosquitos, continuar con la vacunación contra el YFV, y evaluar su cobertura y efectividad.

Seroprevalence of arboviruses in Ecuador: Implications for improved surveillance / Seroprevalencia de arbovirus en Ecuador: implicaciones para mejorar su vigilancia

Abstract | Introduction: Arthropod-borne viruses (arboviruses) cause morbidity and mortality in humans and domestic animals worldwide. The percentage of population immunity or susceptibility to these viruses in Ecuador is unknown. Objectives: To investigate the proportion of Ecuadorian populations with IgG antibodies (Abs) (past exposure/immunity) and IgM Abs (current exposure) against flaviviruses and alphaviruses and to study the activity of these viruses in Ecuador. Materials and methods: During 2009-2011, we conducted a serosurvey for selected arboviruses in humans (n=1,842), equines (n=149), and sentinel hamsters (n=84) at two coastal locations and one in the Amazon basin (Eastern Ecuador) using enzyme-linked immunosorbent assay and hemagglutination inhibition test. Results: From 20.63% to 63.61% of humans showed IgG-antibodies for the flaviviruses: Dengue virus (DENV), yellow fever virus (YFV) Saint Louis encephalitis virus, and West Nile virus (WNV); from 4.67% to 8.63% showed IgG-Abs for the alphaviruses: Venezuelan equine encephalitis virus, eastern equine encephalitis virus, and western equine encephalitis virus. IgM-Abs were found for DENV and WNV. Equines and hamsters showed antibodies to alphaviruses in all locations; two hamsters seroconverted to YFV in the Amazonia. Conclusions: The results show a YFV vaccination history and suggest the activity of arboviruses not included in the current surveillance scheme. Enhanced arbovirus and mosquito surveillance, as well as continued YFV vaccination and evaluation of its coverage/ effectiveness, are recommended.

Resumen | Introducción. Los virus transmitidos por artrópodos (arbovirus) causan morbilidad y mortalidad en humanos y animales domésticos mundialmente. Se desconoce el porcentaje de inmunidad o vulnerabilidad de la población ecuatoriana ante estos virus. Objetivos. Investigar la proporción de poblaciones ecuatorianas con anticuerpos IgG (exposición o inmunidad pasada) y anticuerpos IgM (exposición reciente) contra flavivirus y alfavirus, e investigar su actividad en Ecuador. Materiales y métodos. Entre 2009 y 2011, se llevó a cabo una encuesta serológica para arbovirus en humanos (n=1.842), equinos (n=149) y hámsters centinela (n=84) en dos localidades costeras y en una en la Amazonía, utilizando la prueba ELISA (Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay) y la prueba de inhibición de la hemaglutinación. Resultados. Entre el 20,63 y el 63,61 % de los humanos registraron IgG contra el virus del dengue (DENV), el de la fiebre amarilla (YFV), el de la encefalitis de San Luis y el del Nilo Occidental (WNV); entre 4,67 y 8,63 % tenían IgG para los virus de la encefalitis equina venezolana, de la encefalitis equina del este y de la encefalitis equina del oeste. Se encontró IgM para DENV y WNV. En los equinos y en los hámsters se encontraron anticuerpos contra alfavirus en todas las localidades muestreadas; dos hámsters mostraron seroconversión a YFV en la Amazonía. Conclusiones. Los resultados del estudio evidenciaron los antecedentes de vacunación contra el YFV y sugieren la actividad de arbovirus no incluidos en el esquema de vigilancia actual. Se recomienda ampliar la vigilancia de arbovirus y mosquitos, continuar con la vacunación contra el YFV, y evaluar su cobertura y efectividad.

Evolución del virus dengue en el Ecuador: Período 2000 a 2015 / Evolution of dengue virus in Ecuador 2000-2015

Introducción. Actualmente la infección por virus dengue constituye una de las arbovirosis más importantes y de amplia distribución en las regiones tropicales y subtropicales del planeta. Objetivo. Determinar la evolución del virus dengue circulante en el Ecuador durante el periodo 2000 a 2015. Diseño. Estudio no experimental, transversal, de tipo descriptivo y correlacional; Lugar. Unidades de salud del Ecuador. Participantes. Muestras tomadas a sospechosos de dengue con menos de 5 días de iniciada su enfermedad. Resultados. En el año 2000 se tuvo la presencia de los 4 serotipos, con predominio del DEN3 durante 2001 al 2006, coincidentes con los incrementos de casos del 2000, 2001 y 2005; en el año 2004 reapareció el virus DEN1 y los años siguientes su presencia predominó entre 2007 y 2012, coincidiendo con el incremento de casos en el 2010. Del año 2011 al 2015 se presentaron 3 virus circulantes a la vez (DEN1, DEN2 y DEN4), en 2014 y 2015 hubo la presencia del virus DEN3, con predominio del virus DEN2 en 2013 y 2014 y virus DEN1 en 2015; y ha sido la provincia del Guayas la de mayor relación con los virus. Conclusiones. La presencia de varios serotipos de virus dengue circulando a la vez y su permanencia se debería a otros factores que están influenciando en el comportamiento del virus, con una variabilidad de los cuatro serotipos. Se debe fortalecer la vigilancia molecular de la circulación de serotipos, genotipos y linajes del virus dengue.

Introduction: Nowadays, the dengue virus infection is one of the most important arboviroses in the world's tropical and subtropical regions. Objective: To determine the evolution of the dengue virus circulating in Ecuador during the period 2000-2015. Design: Non-experimental, transversal, descriptive and correlational study. Setting: Health units of Ecuador. Participants: The samples were taken from dengue suspects with less than 5 days from the beginning of the disease. Results: In 2000, the four serotypes were present, with prevalence of DEN3 during 2001-2006 coinciding with the increase of cases in 2000, 2001 and 2005; in 2004, the DEN1 virus reappeared and, during the following years, its presence predominated between 2007 and 2012, coinciding with the increase of cases in 2010. From 2011 to 2015 three circulating viruses were present at the same time (DEN1, DEN2 and DEN4); in 2014 and 2015, the DEN3 virus predominated; the predominance of the DEN2 virus was in 2013 and 2014, and of the DEN1 virus in 2015. The province of Guayas had the greatest relation with the virus. Conclusions: The presence and permanence of several serotypes of dengue virus circulating at the same time is due to other factors influencing the virus behavior and variability of the four serotypes. The molecular surveillance of the circulating serotypes, genotypes and dengue virus lineages should be strengthened.